od roku 1978 kieruje Chórem Filharmonii Narodowej. Dyrygenturę symfoniczno-operową ukończył w warszawskiej PWSM w klasie Stanisława Wisłockiego. W latach 1960–78 był dyrygentem i kierownikiem Chóru Teatru Wielkiego w Warszawie – przygotował tam około 80 premier i kilka prapremier operowych. Z Chórem Filharmonii Narodowej artysta z wielkimi sukcesami koncertuje od wielu lat w licznych ośrodkach filharmonicznych w kraju i za granicą z udziałem renomowanych orkiestr symfonicznych polskich i europejskich (m.in. w mediolańskiej La Scali w latach 1985, 1989 i 1990, w Berlinie, Monachium, Paryżu, Rzymie, Madrycie, Jerozolimie). Współpracował z najwybitniejszymi współczesnymi dyrygentami, jak Gary Bertini, Sergiu Comissiona, Jacek Kaspszyk, Kazimierz Kord, Jan Krenz, Lorin Maazel, Jerzy Maksymiuk, Zubin Mehta, Seiji Ozawa, Krzysztof Penderecki, Helmuth Rilling, Witold Rowicki, Jerzy Semkow, Giuseppe Sinopoli, Stanisław Skrowaczewski, Leopold Stokowski, Stanisław Wisłocki, Antoni Wit, Bohdan Wodiczko. Systematycznie uczestniczy w festiwalach muzycznych w Warszawie, Wrocławiu, Krakowie, Bydgoszczy, Toruniu. Przygotował cały kanon dzieł wokalno-instrumentalnych wszystkich epok, ze szczególnym uwzględnieniem polskiej muzyki współczesnej (m.in. wszystkie dzieła Krzysztofa Pendereckiego z udziałem chóru. Uczestniczył w wielu prawykonaniach polskich i światowych. Wraz z Chórem FN dokonał znacznej liczby archiwalnych nagrań radiowych i płytowych.

W październiku 2005 roku został laureatem nagrody im. Jerzego Kurczewskiego, jedynej w kraju nagrody honorującej twórców chóralistyki, przyznawanej w Poznaniu od 1999 roku. W czerwcu 2011 roku został uhonorowany Złotym Medalem Zasłużony Kulturze Gloria Artis. Henryk Wojnarowski był w latach 1962–2002 nauczycielem akademickim, posiada tytuł profesora zwyczajnego.