ur. w Atenach w 1945, w 1963 osiadł w Paryżu, gdzie pracuje jako niezależny kompozytor. W 1976 założył warsztaty Atelier Théâtre et Musique (ATEM); zebrane w nich doświadczenia pozwoliły mu na całkowite przeformułowanie koncepcji praktyki kompozytorskiej. Zaczął w niej uwzględniać nie tylko muzyków, lecz także aktorów. Jego spektakle inspirowane są życiem codziennym, ale wydarzenia społeczne przenosi autor w świat poezji absurdu i satyry. W ciągu ostatnich dziesięciu lat zanotował znaczne sukcesy międzynarodowe, m.in. dzięki takim utworom, jak skomponowane w roku 2000 oratorium Die Hamletmaschine, a także pochodzące z tego samego roku Machinations, zamówione przez IRCAM i wyróżnione Grand Prix de SACEM. W 2004 wykonano Dark Side, monodram napisany dla Marianne Pousseur i Ensamble intercontemporain, w którym Aperghis wykorzystał fragmenty Orestei Ajschylosa. W tym samym roku odbyła się w Lille prapremiera opery Avis de tempête, która otrzymała Grand Prix krytyki francuskiej za 2005 rok. W 2006 podczas festiwalu Éclat zespoły Neue Vocalsolisten i Vokalensemble radia SWR pod dyrekcją Marcusa Creeda dokonały prawykonania Wölfli-Kantata, opartej na tekstach Adolfa Wölfliego. W 2007 na festiwalu Wittener Tage für Neue Kammermusik oraz na Warszawskiej Jesieni przedstawiono teatr lalkowy-performance Zeugen do tekstów Roberta Walsera z wykorzystaniem zrekonstruowanych pacynek Paula Klee.
W czerwcu 2011 na paryskim festiwalu Agora odbyło się prawykonanie zamówionego przez IRCAM i Warszawską Jesień spektaklu Luna Park. Rok później utwór zaprezentowano na Warszawskiej Jesieni.
W październiku 2011 Georges Aperghis otrzymał Mauricio Kagel Music Prize.

Ważniejsze utwory (od 1995): Simulacre IV na klarnet basowy (1995), Fauxmouvement na trio smyczkowe (1995), Quatre pièces fébriles na marimbę i fortepian (1995), Trio na klarnet, wiolonczelę i fortepian (1996), Babil na klarnet i 15 instrumentalistów (1996), Commentaires na dwoje aktorów, baryton, wiolonczelę, fortepian i altówkę, tekst Philippe’a Minyana (1996–97), Totem na osiem wiolonczel (1997), Cross wind na altówkę i kwartet saksofonowy (1997), Tombeau ouvert na fortepian (1997), Façade-trio na dwa klarnety basowe i perkusję (1998), In extremis na ośmiu instrumentalistów (1998), Requiemfurtif na skrzypce i klawesyn (1998), Zwielicht, teatr muzyczny na sopran, aktora i pięć instrumentów wg Paula Klee, Goethego i Kafki (1999; wersja francuska – Entre chien et loup, 1999), Die Hamletmaschine, oratorium do tekstu Heinera Müllera w przekładzie Jeana Jourdheuila na pięciu solistów, chór mieszany i zespół instrumentalny (1999–2000), La Nuit en tête na sopran i sekstet instrumentalny (2000), Machinations na cztery głosy żeńskie, elektronikę i projekcję wideo (2000), Le petit chaperon rouge na dzieci i sześć instrumentów, tekst wg bajki Czerwony Kapturek Charles’a Perraulta (2001), Quatorze Jactations na baryton (2001), Petrrohl na sześć głosów solo (2001), Pubs (1 et 2), fonemy mówione lub śpiewane na sopran solo (2002), I. X. na skrzypce solo (2001–02), Print Music na fortepian (2002), Dark Side, monodram do tekstu wg Orestei Ajschylosa w przekładzie François Regnaulta na mezzosopran i 18 muzyków (2002), Paysage sous surveillance na dwoje aktorów, dwa klarnety, dwie wiolonczele i dwa syntezatory do tekstu Heinera Müllera (2002), Le Reste du temps na wiolonczelę, cymbały i zespół (2003), Alter-Face na dwa fortepiany (2004), Avis de tempête, opera do libretta kompozytora wg Petera Szendy’ego, Hermana Melville’a, Franza Kafki i Victora Hugo (2004), Wölfli-Kantata do tekstów Adolfa Wölfliego na chór mieszany i zespół wokalny sześciu solistów (2005), Contretemps na sopran i zespół (2006), Bloody Luna na wiolonczelę solo i zespół (2007), Happy End na zespół, elektronikę i film animowany Hansa Op de Beecka do tekstu zaczerpniętego z bajki Le Petit poucet (Tomcio Paluch) Charles’a Perraulta (2007; premiera w Operze w Lille), Teeter-Totter na zespół (2008), See Saw na zespół (2008), Quartet Movement (2009), Happiness Daily na sopran, mezzosopran i zespół (2009), P.S. na saksofon solo (2010), Les Boulingrin, opera buffa wg Georges’a Courteline’a (2010), Luna Park, spektakl na czterech wykonawców, tekst: Georges Aperghis i François Régnault (2011), Damespiel na klarnet solo (2011), Retrouvailles na dwóch perkusistów (2013).