uczył się gry na organach i kompozycji w konserwatorium w Nicei; studia muzyczne kontynuował w Wielkiej Brytanii i w Kanadzie. Po powrocie do Europy w roku 1979 wyspecjalizował się w muzyce średniowiecznej i w roku 1982 założył Ensemble Organum, z którym przedsięwziął systematyczne badania nad średniowiecznym repertuarem liturgicznym. W roku 1984 utworzył Fondation Royaumont, centrum badań nad wykonawstwem muzyki średniowiecznej oraz CERIMM (Centre Européen pour la Recherche sur l’Interprétation des Musiques Médiévales), którego był dyrektorem do roku 1999. Z Ensemble Organum nagrał około czterdziestu płyt, z których większość uzyskała najwyższe wyróżnienia: Diapason d’Or, Classical Awards, Choc de l’année du „Monde de la musique”. W roku 2001 w dawnym opactwie Moissac Marcel Pérès założył ośrodek CIRMA (Centre Itinérant de Recherche sur les Musiques Anciennes), który poprzez muzykę miał za zadanie przedstawić myśl i wiedzę ubiegłych wieków oraz stworzyć wzajemne związki między żywą tradycją, muzyczną archeologią i naukami o pamięci. Międzynarodowa działalność Marcela Pérèsa doczekała się uznania w postaci Prix Léonard de Vinci przyznanej mu w roku 1990 przez francuski Sekretariat Stanu do spraw międzynarodowych stosunków kulturalnych. W 1996 francuskie Ministerstwo Kultury nadało mu tytuł Chevalier des Arts et des Lettres, a w roku 2013 uzyskał wyróżnienie Officier de l’Ordre des Arts et des Lettres.