ur. w 1952 w Tulle we Francji, zaczął uczyć się muzyki w wieku dziewięciu lat. Odbył studia pianistyczne pod kierunkiem Pierre’a Sancana, a harmonii, kontrapunktu i analizy muzycznej uczył się w École Normale de Musique w Paryżu. Studiował kompozycję najpierw u Gérarda Condé, a następnie u Maxa Deutscha w tejże uczelni. Uzyskał najwyższe wyróżnienie z kompozycji w klasie Ivo Maleca i Michela Philippota w paryskim Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse, gdzie uczęszczał również do klasy analizy Claude’a Ballifa. Odkąd ukończył 19 lat, regularnie uczestniczył w festiwalach i koncertach muzyki współczesnej (m.in. w Royan, La Rochelle, Donaueschingen, Londynie), dopiero jednak wykonanie utworu Cryptophonos przez pianistę Claude’a Helffera na festiwalu w Metzu przybliżyło go szerszej publiczności. W 1978 osiadł na trzy lata w Brazylii, gdzie wykładał na uniwersytetach w São Paulo, Brasilii, Rio de Janeiro i Salwadorze. Po powrocie do Francji w 1981 został zaproszony do współpracy przez IRCAM. Od tego czasu stale uczestniczy w działalności tego instytutu jako kompozytor i wykładowca, a także – we współpracy z matematykiem Millerem Puckettem – rozwija badania nad interakcją w czasie rzeczywistym między instrumentami akustycznymi a nowymi technologiami powiązanymi z informatyką muzyczną. Owocem tych prac stał się cykl Sonus ex machina, złożony z interaktywnych utworów na różne obsady (Jupiter, Pluton, La Partition du Ciel et de l’Enfer, Neptune).

W latach 1983–87 zajmował się pedagogiką w ramach działalności Ensemble intercontemporain. Od 1987 do 1997 był profesorem kompozycji i muzyki elektronicznej w Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse w Lyonie. W latach 1995– 2001 był kompozytorem rezydentem Orchestre de Paris, a w 2001–03 – Sceny Narodowej w Orleanie. Przez trzy lata (1998–2000) kierował Europejską Akademią Muzyki festiwalu w Aix-en-Provence. Prowadził również szereg seminariów z kompozycji we Francji, Stanach Zjednoczonych, Japonii, Finlandii, Szwecji, Czechach i Kanadzie. Począwszy od jesieni 2004, dzieli swój czas pomiędzy Europę i Stany Zjednoczone, gdzie do 2013 nauczał na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego. Od roku 2013 mieszka w Strasburgu.

Otrzymał szereg nagród, m.in. Grand Prix w dziedzinie kompozycji przyznawane przez miasto Paryż (1998), od francuskiego stowarzyszenia autorów SACEM wyróżnienie w dziedzinie muzyki kameralnej (1976), za najlepszą realizację muzyczną (utwór Jupiter, 1988) oraz Grand Prix w dziedzinie muzyki symfonicznej (1999). Jego opera K... zdobyła w 2001 Grand Prix Stowarzyszenia SACD, nagrodę francuskiej krytyki muzycznej, a w 2002 – Nagrodę Fundacji Księcia Pierre’a de Monaco. W roku 2014 Manoury otrzymał tytuł Officier des Arts et des Lettres nadany przez francuskie Ministerstwo Kultury. Wydawcą jego utworów jest Durand (obecnie grupa Universal).

Ważniejsze utwory (od 1995): Épitaphe na zespół (1995), Métal na sekstet sixensów (1995), Ultima na klarnet, wiolonczelę i fortepian (1996), Soixantième parallèle, opera na dziewięciu śpiewaków, orkiestrę i elektronikę (1995–96), Last na klarnet basowy i marimbę basową (1997), Fragments pour un portrait na zespół (1997–98), Toccata na fortepian (1998), Douze moments (1998), K..., opera na 16 śpiewaków, orkiestrę i elektronikę (2000), La ville (...première sonate...) na fortepian (2001–02), Slova na chór kameralny (2001–02), Fragments d’Héraclite na chór kameralny (2002–03), La frontière, opera na sześciu śpiewaków, zespół i elektronikę (2003), Noon na sopran, chór kameralny, orkiestrę i elektronikę (2003), Blackout na głosy i zespół (2004), Identités remarquables na zespół (2004–05), Strange Ritual na zespół (2005), On iron na czterech śpiewaków, chór kameralny, perkusję i elektronikę (2005), Trakl Gedichte na chór kameralny (2006), Partita I na alt i elektronikę (2006), Terra ignota (in memoriam Karlheinz Stockhausen) na fortepian i zespół instrumentalny (2007), Veränderungen (...deuxième sonate...) na fortepian (2007), Abgrund na orkiestrę (2007), Cruel spirals na głosy i zespół (2008), Instants pluriels na dwie grupy instrumentalne (2008), Gesänge-Gedanken mit Friedrich Nietzsche na alt i zespół (2009), Synapse na skrzypce solo i orkiestrę (2009), Spins na fortepian (2009), Stringendo na kwartet smyczkowy (2010), Tensio, kwartet smyczkowy z elektroniką (2010), La nuit de Gutenberg, opera (2011), Hypothèses du sextuor na sekstet (2011), Partita II na skrzypce z elektroniką (2012), Echo-daimónon na fortepian, elektronikę i orkiestrę (2012), Illud etiam na sopran i elektronikę (2012), In Situ na orkiestrę (2013), Zones de turbulences na dwa fortepiany i orkiestrę (2013), Melencolia na kwartet (2013), Le temps, mode d’emploi na dwa fortepiany z elektroniką (2014).