powstał w roku 1990 z inicjatywy ówczesnego rektora Akademii Muzycznej F. Chopina w Warszawie Andrzeja Chorosińskiego. Założycielem i dyrektorem artystycznym chóru jest Krzysztof Kusiel-Moroz, profesor UMFC w Katedrze Dyrygentury Chóralnej, chórmistrz i dyrygent współpracujący z wieloma zespołami wokalnymi i orkiestrami w Polsce i Europie.
Od roku 1998 oprócz chóru chłopięcego przy UMFC istnieje także chór męski, w którego skład wchodzą wychowankowie chóru chłopięcego, obecnie uczniowie szkół ponadpodstawowych i studenci.
Od roku 1994 chór współpracował z takimi mistrzami batuty, jak: Antoni Wit, Kazimierz Kord, Gabriel Chmura, Jacek Kaspszyk, Yoav Talmi, Jan Latham-Koenig, Philippe Herreweghe, John Axelrod, a także Krzysztof Penderecki, którego utwory (Pasja, Jutrznia, Credo) na stałe weszły do koncertowego repertuaru chóru. Warszawski Chór Chłopięcy gości na czołowych estradach w kraju, takich jak Filharmonia Narodowa, Teatr Wielki–Opera Narodowa, międzynarodowych festiwalach: Wratislavia Cantans, Warszawska Jesień, Wielkanocny Festiwal im. Ludwiga van Beethovena, wykonując dzieła niemal wszystkich epok i stylów. Zespół współpracuje także regularnie z instytucjami samorządowymi Warszawy oraz Instytutem Adama Mickiewicza. Rokrocznie chór zapraszany jest także na koncerty zagraniczne, podczas których spotkał się z dużym uznaniem zarówno wśród publiczności, jak i krytyki. Odwiedził m.in. Holandię, Niemcy, Francję, Włochy, Litwę, Słowację, Austrię, Macedonię, Chiny; w 1999, 2001 i 2003 roku odbył trzy długie tournée po Japonii, koncertując w wielu prestiżowych salach Tokio, Osaki, Nagoi, Hiroszimy i Nagasaki. Śpiewał Pasję i Credo Pendereckiego na festiwalach Echternach w Luksemburgu, Penderecki Festspiele w Muenster, Europaeische Festwoche w Passau, Festival de La Chaise-Dieu. W roku 2009 Warszawski Chór Chłopięcy odbył tournée w ramach Roku Polskiego w Wielkiej Brytanii, śpiewając m.in. Pasję Pendereckiego w Canterbury, a także dając samodzielne koncerty w Londynie i innych miastach i zdobywając bardzo przychylne recenzje w brytyjskiej prasie. Wynikiem tego sukcesu było zrealizowane na przełomie kwietnia i maja 2011 tournée po Wyspach Brytyjskich.
Poza działalnością koncertową Warszawski Chór Chłopięcy i Męski prowadzi działalność fonograficzną: nagrał 17 płyt CD, wśród których ważne miejsce zajmują Pasja, Jutrznia, Credo i Magnificat Krzysztofa Pendereckiego dla wytwórni Naxos, premierowe nagranie Pasji Pawła Mykietyna czy płyta nagrana dla amerykańskiej wytwórni Bridge z kompozycją G. Crumba Star Child, która otrzymała w roku 2001 Grammy Award.
W latach 2006–09 chór był laureatem kilku międzynarodowych konkursów: II miejsce na Europejskim Konkursie Muzykującej Młodzieży w Neerpelt (Belgia), dwukrotnie otrzymał Złoty Dyplom na Międzynarodowym Konkursie Śpiewu Chóralnego w Bratysławie (Słowacja 2006 i 2009), a także został zwycięzcą jednego z najsłynniejszych europejskich konkursów: Seghizzi Corale w Gorizii we Włoszech w roku 2007.
Od roku 1993 działalność Warszawskiego Chóru Chłopięcego wspiera specjalnie powołana do tego celu fundacja, będąca jednocześnie organizacją pożytku publicznego. W organizowanym od 12 lat programie edukacji muzycznej wzięło już udział przeszło 2 000 dzieci i młodzieży z Warszawy i okolic. Dla chórzystów oraz uczestników zajęć edukacyjnych fundacja organizuje coroczne wyjazdowe warsztaty artystyczne w różnych zakątkach kraju, podczas których oprócz zajęć muzycznych młodzież ma zapewnioną szeroką animację sportową, program wychowawczy i integracyjny. W chórze młodzi ludzie rozwijają swoją aktywność, pływając na kajakach, jeżdżąc na rowerach, tworząc drużyny piłki nożnej oraz żeglując na jachcie morskim po Bałtyku.
