ur. 1933 w Dębicy. Jego pierwszym profesorem kompozycji był Franciszek Skołyszewski. W 1954 r. podjął studia na wydziale kompozycji Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w klasie Artura Malawskiego, a po jego śmierci uczył się u Stanisława Wiechowicza. Studiował także filozofię, historię sztuki i literatury na Uniwersytecie Jagiellońskim.
W 1959 r. trzy jego utwory (Strofy, Emanacje i Psalmy Dawida) uhonorowane zostały pierwszymi nagrodami na II Konkursie Kompozytorskim zkp. Rok później kompozycją Anaklasis, wykonaną podczas festiwalu w Donaueschingen, zwrócił na siebie uwagę krytyki zachodniej. Międzynarodową pozycję Pendereckiego umocniły takie dzieła, jak Ofiarom Hiroszimy Tren (wyróżniony w 1961 r. przez Trybunę Kompozytorów unesco), Dies Irae (nagrodzone Prix Italia w 1968)
i Stabat Mater, które miało stać się wkrótce częścią Pasji wg św. Łukasza, wykonanej po raz pierwszy w 1966 r. w katedrze w Münster. Za Pasję kompozytor został uhonorowany w 1966 r. Wielką Nagrodą Sztuki Północnej Nadrenii-Westfalii, a w 1967 r. – Prix Italia. W tym samym roku otrzymał Złoty Medal Sibeliusa.
W latach 1966–68 Penderecki uczył w Folkwang Hochschule
w Essen, pracując jednocześnie nad operą Diabły z Loudun, która po prapremierze w hamburskiej Staatsoper (1969) weszła do repertuaru scen operowych całego świata – podobnie jak jego trzy kolejne opery: Raj utracony, Czarna maska oraz Król Ubu.
W latach 1972–87 Krzysztof Penderecki był rektorem Akademii Muzycznej w Krakowie; w 1973–78 wykładał na Yale University w New Haven.
W 1973 r. rozpoczął także (trwającą do dzisiaj) karierę dyrygencką.
Z długiej listy nagród, którymi uhonorowano twórczość Pendereckiego, wymienić należy m.in. dwie Nagrody Państwowe I stopnia (1969, 1983), Nagrodę zkp (1970), Nagrodę im. Herdera (1977), im. Honeggera (za Magnificat; 1977), im. Sibeliusa (1983), Premio Lorenzo Magnifico (1985), Nagrodę Fundacji im. Karla Wolffa w Izraelu (1987), nagrody państwowe Niemiec, Austrii, Francji i Monaco.
W ostatnich latach otrzymał także m.in. Grawemeyer Award Uniwersytetu w Louisville (za Adagio. IV Symfonię; 1992), Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (1993), Nagrodę Kompozytorską Stowarzyszenia Promocji Europejskiego Przemysłu i Handlu (1998). W 2000 r. na Targach midem w Cannes otrzymał tytuł Najlepszego Żyjącego Kompozytora Roku (w kategorii klasyki). W 2001 r. otrzymał Nagrodę Artystyczną Księcia Asturias, a w 2002 r. Akademia Katolicka w Bawarii przyznała mu Nagrodę Romana Guardiniego.
Penderecki posiada doktoraty honoris causa uniwersytetów w Belgradzie, Bordeaux, Glasgow, Leuven, Madrycie, Pittsburghu, Poznaniu, Rochester, Waszyngtonie, St. Olaf College w Northfield (Minnesota) oraz Konserwatorium im. Czajkowskiego w Moskwie; jest honorowym profesorem Konserwatorium w Pekinie, a także członkiem honorowym m.in. American Academy of Arts and Letters, Royal Academy of Music w Londynie, Academia Nazionale di Santa Cecilia w Rzymie, Kungliga Musikaliska Akademien w Sztokholmie
i Akademie der Künste w Berlinie. W 1997 r. wydał książkę pt. Labirynt czasu. Pięć wykładów na koniec wieku.

Ważniejsze utwory (od 1990): Ubu Król, opera buffa wg Alfreda Jarry’ego (1990–91), Trio smyczkowe (1990–91), Sinfonietta per archi (1991), V Symfonia (1992), Koncert fletowy (1992), Kwartet klarnetowy (1993), Sinfonietta nr 2 na klarnet i smyczki (1994), Divertimento na wiolonczelę solo (1994), III Symfonia (1988–95), Metamorphosen.
II Koncert skrzypcowy (1992–95), Koncert klarnetowy (1992–95), Siedem bram Jerozolimy na solistów, recytatora, trzy chóry mieszane i orkiestrę (1996), Serenada na orkiestrę smyczkową (1996–97), Hymn do
św. Daniela na chór mieszany i orkiestrę (1997), Hymn do św. Wojciecha na chór mieszany i orkiestrę (1997), Credo na głosy solowe, chóry
i orkiestrę (1998), II Sonata skrzypcowa (1999), Musik für Blockflöten, Marimbaphon und Streicher (2000), Sekstet na klarnet, róg, trio smyczkowe i fortepian (2000), Concerto grosso na trzy wiolonczele
i orkiestrę (2000–01), Koncert fortepianowy ?Zmartwychwstanie” (2001–02).